現在 base グループには systemd-sysvcompat パッケージが含まれています。つまり、新しい環境は全てデフォルトで systemd で起動します。
一部のパッケージにはまだネイティブの systemd ユニットがないため、ユーザーは initscripts パッケージをインストールして /etc/rc.conf の DAEMONS 配列を使って旧式の rc.d スクリプトでサービスを起動できます。
今回の変更は既存環境には影響しません。しばらくは initscripts と sysvinit パッケージは公式リポジトリから利用できます。ただし、個別のパッケージは systemd で起動する環境に依存するようになります。
既存環境を systemd に移行する方法は wiki を参照してください。